La Junta Directiva d’AEI.cat està formada per representants de les entitats federades, escollits en Assemblea General. El seu mandat és de quatre anys, renovable una vegada.
- Presidència. Representació institucional i direcció estratègica.
- Vicepresidència. Coordinació interna i relacions amb les entitats.
- Secretaria. Actes, documentació i comunicacions oficials.
- Tresoreria. Gestió econòmica i transparència financera.
- Vocalies. Àrees temàtiques (formació, joventut, mesquites, dona, jurídic).