AEICAT neix del treball pacient i discret d'imams, junts directius de mezquits i professionals musulmans catalans que, durant anys, van veure la necessitat d'una estructura federativa moderna, plenament catalana i capaç de dialogar amb totes les administracions públiques.
Després de diverses trobades preparatòries celebrades a Barcelona es va constituir formalment la federació, dotant-la d’Estatuts i d’una Junta Directiva electa.