La Junta Directiva d’AEI.cat està formada per representants de les entitats federades, escollits a Assemblea General. El seu mandat és de quatre anys, una vegada renovable.
- Presidència. Representació institucional i direcció estratégica.
- Vicepresidència. Coordinació interna i relacions amb les entitats.
- Secretària. Actes, documentació i comunicacions oficials.
- Tresoreria. Gestió econòmica i transparència financera.
- Vocalies. Àrees temàtiques (formació, joventut, mezquites, dona, jurídic).